野生渔业资源：水产养殖业仍然依赖着野生的鱼类资源。一方面，很多食肉性鱼类需要幼杂鱼制成的鱼粉、鱼油作为饲料，比如养殖大西洋鲑(三文鱼)每生长一公斤需要消耗2-3公斤的野生鱼类资源作为饲料，对于养殖的大黄鱼，这一数字为7-8，而目前养殖处于食物链顶端的蓝鳍金枪鱼，这一数字可以高达15:1。另一方面，很多水产养殖业还无法使用人工苗种，只能通过孵化野生鱼卵或培育野生的幼鱼苗后进行人工养殖，如鳗鱼（日本鳗、欧鳗、美洲鳗）、南方蓝鳍金枪鱼、苏眉鱼等和部分石斑鱼种类都是如此，这就无法避免对野生种群资源的索取和破坏。

污染和疾病：高密度集中养殖可能会带来一系列的环境问题，比如养殖用水排放污染周边水域、破坏养殖区域原有底质环境，滥用化学品造成污染等。

物种逃逸：如果养殖水域与自然水域相通，养殖的鱼或虾有可能逃逸到自然环境中，与野生种群共享食物、产卵场，还可能污染野生种群的基因。如果养殖的种类并非本土物种，逃逸物种则可能变成入侵物种，破坏当地的生态系统。

破坏栖息地：绵延在海岸线上的海参池、虾塘，很多都是以历史上甚至近几年大规模围垦滩涂、砍伐红树林为代价建成的。缺乏规划的随意围垦、高密度养殖带来的污水排放等，可能会污染当地水域、降低生多样性，破坏珍稀而脆弱的关键栖息地。

水产养殖管理：随着水产养殖业的快速增长，水产养殖业亟待向绿色、可持续发展的模式转型。可持续的水产养殖管理措施应包含保护关键栖息地、降低污染、控制化学品使用、提升饲料可持续性等要素。